HƯỚNG DẪN SỬ DỤNG GELRED TRÊN GEL AGAROSE

Tổng quan

Chắc hẳn đối với người học công nghệ sinh học nói chung và sinh học phân tử nói riêng sẽ không quá xa lạ với quá trình điện di trên gel agarose. Đối với kỹ thuật điện di trên gel agarose, người sử dụng cần bổ sung thêm các chất nhuộm có khả năng liên kết với DNA mục tiêu để có thể quan sát các vạch mục tiêu. Có nhiều loại chất nhuộm được sử dụng phổ biến, trong đó bao gồm Ethidium Bromide (EtBr). Đây là chất nhuộm huỳnh quang có độ nhạy cao, nhưng cũng rất nguy hiểm cho người sử dụng do sự đột biến mà chúng mang lại. Nhằm khắc phục hạn chế trên, chất nhuộm gelred đã được ra đời.

Gelred là gì?

Gelred là một loại chất nhuộm acid nucleic huỳnh quang siêu nhạy, cực kỳ ổn định và an toàn với môi trường được thiết kế để thay thế Ethidium Bromide (gây ung thư) để nhuộm dsDNA, ssDNA hoặc RNA trong gel agarose/ polyacrylamide.

Về tính chất: Gelred có thể được loại bỏ khỏi DNA bằng kết tủa ethanol, nhạy hơn so với EtBr vì vậy có thể thay thế trực tiếp EtBr bằng Gelred mà không cần sự thay đổi gì về hệ thống hình ảnh. Ngoài ra có thể sử dụng trong các kỹ thuật cắt bằng enzyme giới hạn, southern blot và cloning.

Hình CTHH: Ethidium Bromide (1)

Hướng dẫn sử dụng gelred trên gel agarose.

Gelred thường được cung cấp ở dưới dạng gốc là 10.000X. Tùy theo ứng dụng mà sẽ pha với nước thành các nồng độ khác nhau, hiện nay TBR có cung cấp 2 dạng pha sẵn, tiện lợi cho người sử dụng là Gelred 3X in water và Gelred loading dye 6X.

Đối với dạng Gelred 3X in water, khách hàng có thể sử dụng theo hai cách như sau:

Cách 1: Ngâm gel đã chạy điện di với GelRed 3X in water

• Bước 1: Đổ gel vào khuôn có đặt sẵn lược và để đông ở nhiệt độ thường
• Bước 2: Nạp mẫu và chạy gel theo quy trình.
• Bước 3: Chuẩn bị dung dịch nhuộm bằng cách pha loãng dung dịch GelRed 3X in water thành nồng độ Gelred 1X bằng cách sử dụng H₂O (ví dụ: trộn 20 mlGelRed 3X in water với 40 ml H₂O để tạo thành 60 ml Gelred 1X)
• Bước 4: Cho miếng gel sau khi chạy xong ngâm trong dung dịch Gelred 1X, đảm bảo dung dịch phủ cao hơn gel ít nhất 2 mm trong 10-15 phút và trong điều kiện tránh sáng.
• Bước 5: Xem gel đã nhuộm bằng đèn chiếu sáng tiêu chuẩn (302 hoặc 312 nm) và chụp ảnh gel bằng bộ lọc ánh sáng UV.

Cách 2: Chuẩn bị gel với GelRed 3X in water

• Bước 1: Pha loãng dung dịch GelRed 3X in water thành nồng độ 1X bằng cách sử dụng dung dịch đệm điện di đậm đặc (ví dụ: trộn 20 ml GelRed 3X in water với 6 mldung dịch đệm 10X TBE và 34 ml H₂O để tạo thành 60 ml 1X GelRed trong 1X TBE).
• Bước 2: Bổ sung agarose vào dung dịch GelRed 1X với lượng cần thiết. Sau đó, trộn đều và đun nóng để hòa tan hoàn toàn.

• Bước 3: Đổ gel vào khuôn có đặt sẵn lược và để đông ở nhiệt độ thường. 

Lưu ý:

• Dung dịch gel chưa sử dụng có thể được lưu trữ và làm nóng lại để đổ thêm gel. 
• Dung dịch gel ở dạng nóng chảy (50°C) bảo quản không quá 1-2 ngày.
• Bảo quản gel đã đổ ở nhiệt độ phòng tránh ánh sáng tối đa một tuần.
• Không nên bảo quản gel đã đổ ở 4°C vì có thể gây tủa thuốc nhuộm, giảm hiệu suất.
• Bước 4: Nạp mẫu và chạy gel theo quy trình.
• Bước 5: Xem gel đã nhuộm bằng đèn chiếu sáng tiêu chuẩn (302 hoặc 312 nm) và chụp ảnh gel bằng bộ lọc ánh sáng UV.

Riêng đối với Gelred loading buffer 6X, đây là dung dịch nạp mẫu bao gồm chất có tỷ trọng cao, thuốc nhuộm theo dõi quá trình điện di và thuốc nhuộm GelRed. Nó chứa ba loại thuốc nhuộm khác nhau (xanh bromophenol, xylene cyanol FF và Organe G) để theo dõi trực quan sự di chuyển DNA trong quá trình điện di. 6x Gelred Loading buffer được thêm vào mẫu và nạp vào gel mà không cần thêm thuốc nhuộm DNA phát huỳnh quang vào gel agarose trong quá trình đổ gel. 

Cách 3: Nạp trực tiếp Gelred Loading Buffer 6X cùng với mẫu vào giếng

• Bước 1: Đổ gel vào khuôn có đặt sẵn lược và để đông ở nhiệt độ thường
• Bước 2: Đặt khuôn gel vào buồng điện di, tháo lược và thêm đệm TAE 1X ( hoặc TBE 1X) vào khay gel sao cho đệm cao hơn mặt gel 2mm.
• Bước 3: Nạp mẫu theo tỷ lệ: Nạp mẫu theo tỷ lệ: 5µl sản phẩm PCR + 1µl Gelred Loading buffer 6X vào mỗi giếng. Thang DNA sử dụng theo tỷ lệ 5 µl thang DNA và 1µl Gelred Loading buffer 6X.
• Bước 3: Điện di ở hiệu điện thế 85V trong 30 phút hoặc đến khi vạch chỉ thị màu vàng đến phía cuối của gel hoặc điều chỉnh theo nhu cầu sử dụng.

Chi tiết sản phẩm: <<Gelred Loading buffer 6X>>, <<GelRed 3X in water>>

Xem thêm << hướng dẫn chuẩn bị gel Agarose>>

Chúng tôi, TBR là đơn vị chuyên thiết kế thi công phòng thí nghiệm, xây dựng phòng sinh học phân tử đạt chuẩn theo nhu cầu của khách hàng.

TBR cung cấp một giải pháp tổng thể xét nghiệm sinh học phân tử trên nhiều mảng đối tượng khác nhau: Y tế, nghiên cứu, thực phẩm, thú y, thủy sản… Nếu có bất kì thắc mắc xin vui lòng liên hệ Chúng tôi, luôn trên tinh thần sẵn sàng hỗ trợ, tư vấn cho mọi nhu cầu của khách hàng.

Hotline: +84 28 6676 7762

Email: sales@tbr.vn

Tài liệu tham khảo

1. T Xie, S L Ho, O C K Ma. High resolution single strand conformation polymorphism analysis  sing formamide and ethidium bromide staining. https://sci-hub.se/10.1136/mp.50.5.276